يختص قسم الوثائق والمحفوظات بالآتي:
- تسجيل البريد الصادر والوارد بالهيئة وتسليمه للتقسيمات الإدارية بالهيئة وحفظ نسخة منه، والمساعدة في استخراج نسخة من البريد للجهات المختصة بالهيئة.
- تنظيم الوثائق وإدارتها وتصنيفها وفقاً لأحكام قانون الوثائق والمحفوظات الصادر بالمرسوم السلطاني رقم ٢٠٠٧/٦٠.
- حفظ الوثائق وترتيبها وفرزها، بالتنسيق مع هيئة الوثائق والمحفوظات الوطنية.
- ترحيل المحفوظات إلى الهيئة.
- إتلاف الوثائق التي انتهت المدة القانونية لحفظها وفق القواعد المقررة لذلك.
- تقديم الدعم الفني للموظفين في تطبيق القواعد والنظم المقررة للوثائق والمحفوظات.
- أي مهام أخرى تدخل ضمن نطاق اختصاصاته.