أنشئت هيئة الطيران المدني بموجب المرسوم السلطاني رقم (33/2012) الذي صدر بتاريخ 26 مايو 2012م بأن يكون للهيئة شخصية اعتبارية واستقلال مالي وإداري وأن تكون السلطة المسؤولة عن مختلف الجوانب الرقابية والتشريعية لشؤون الطيران المدني في سلطنة عمان، وصدر نظامها بموجب المرسوم السلطاني (43/2012) والذي أكده المرسوم السلطاني رقم (2019/76) بشأن إصدار قانون الطيران المدني. وفي إطار القيادة الرشيدة لمولانا حضرة صاحب الجلالة السلطان هيثم بن طارق – حفظه الله ورعاه – تم تعديل اسمها من "الهيئة العامة للطيران المدني" إلى "هيئة الطيران المدني" بموجب المرسوم رقم (85/2020)
تعمل الهيئة على تعزيز وتمكين قطاع الطيران المدني في سلطنة عمان، مؤكدةً دورها الحيوي في دعم التنمية الشاملة والمستدامة، بالتوازي مع القطاعات الأخرى التي تشهد نموًا متسارعًا. كما تسعى الهيئة إلى أن تصبح منافسًا قويًا على المستويين الإقليمي والعالمي، في مجالات أمن وسلامة الطيران، حماية البيئة، تطوير البنى الأساسية، وتقديم خدمات الأرصاد والملاحة الجوية بكفاءة عالية. واضعةً نصب أعينها تحقيق أهداف وأولويات رؤية عمان 2040.